Babasının ölümü üzerine Keyhüsrev Konya sultanı oldu (1192-1196). Kısa bir süre sonra Melikşah ta öldü. Keyhüsrev’in annesi Bizanslı idi. Kardeşleri, Keyhüsrev’in sultanlığını kabul etmediler. Melikşah’ın ölümünden sonra, Keyhüsrev, en kuvvetli rakibinden kurtulmuş oldu. Bu sırada Ankara Meliki Muhiddin Mes’ud, Kastamonu ve Bolu yöresinde fetihlerle uğraşıyor ve diğer kardeş Rükneddin Süleymanşah ta, orta ve doğu Anadolu’da, kardeşlerini kendi yönetimi altına almakla uğraştığından, Gıyaseddin Keyhüsrev Konya tahtını korumakta güçlük çekmedi. Hatta Menderes havzasına bazı seferler dahi yaptı.

Süleymanşah başlangıçta akıllı bir siyaset güdüp, Konya tahtında bir ihtirası olmadığı izlenimini vermiş ve uygun zamanı kollamıştır. Fakat, Melikşah’ın, kardeşi Nureddin Sultanşah’ı bir hile ile öldürüp, Kayseri’yi alması üzerine, Melikşah’a karşı cephe almak zorunda kalmıştır. Melikşah’ın ölümü üzerine ilk mücadele onun mirası üzerinde, Süleymanşah ile Ankara Meliki Muhiddin Mes’ud arasında cereyan etti ve Süleymanşah Konya tahtını sonraya bıraktı. Bu sırada, Keyhüsrev’in babasını zehirleterek öldürttüğü ve böylece Konya tahtına çıktığı dedikoduları yayıldı. Bunun üzerine Süleymanşah, bazı kardeşlerinin de desteğini alarak, Konya üzerine yürüdü. Dört ay süren bir kuşatmadan sonra şehri zaptetti. Keyhüsrev, Süleymanşah ile anlaşarak, oğulları Keykubad ve Keykavus’u da Konyada bırakıp, şehri terketmek zorunda kaldı. Süleymanşah merasimle tahta çıktı (1196-1204). Keyhüsrev, Anadolu’da bazı hükümdarlara misafir olduktan sonra, Trabzon üzerinden İstanbul’a geçti